商水二职专开设的专业包括电子商务、汽车运用与维修、计算机应用、电子电器应用与维修、数控技术应用、建筑工程施工等。
学校不仅提供学历教育，还提供职业培训，使学生能够通过全国统一的对口招生考试升入高等院校，或在接受职业培训后被安置到经济发达地区的外资企业就业。
此外，商水县第二职业中等专业学校还注重学生的素质教育和职业技能培训。例如，该校会举行预防校园欺凌的主题报告会，以促进学生的健康成长。同时，该校提供诸如中西面点、美发与形象设计等特色专业，为学生提供广泛的就业选择。